Suor Amelia è una religiosa amica di don Matteo, nativa dell'Umbria e missionaria da venti anni in Africa. Ora è tornata a Gubbio per risolvere una questione burocratica legata a un centro di accoglienza per anziani: l'anziano proprietario del terreno è morto, e il figlio pretende di chiudere il centro. Ma suor Amelia è in possesso di un documento in cui il precedente proprietario cede a tempo indeterminato il terreno alle suore. La religiosa va in caserma a sporgere denuncia, ma non ha il documento a portata di mano, e quindi non può dimostrare la verità. Quella sera, Roberta, la figlia del fratello di suor Amelia, trova il documento, e quando sua zia torna a casa, glielo dice sulla soglia della porta. La suora è contenta e vuole subito andare dai Carabinieri, ma qualcuno, con la complicità del buio, le spara tre colpi di pistola. Suor Amelia viene portata in ospedale, dove i medici le salvano la vita. Un violinista molto famoso è arrivato a Gubbio per un concerto, e Laura sembra mostrargli interesse e apprezzamento. Il capitano Anceschi è geloso ma non riesce a dichiararsi. La prima sospettata per il tentato omicidio è la signora Cicogna, moglie di un ricco imprenditore di origini siciliane: un testimone l'ha vista vicino a casa di Roberta. Un altro indiziato è un uomo che qualche anno prima era fidanzato con una sua coetanea, che però decise di prendere i voti grazie anche all'incoraggiamento di suor Amelia. Dopo la risoluzione del caso, la stagione si conclude con il fidanzamento di Flavio e Laura, e con don Matteo che strizza l'occhio ai telespettatori.